La commune de Pregny-Chambésy se situe au bord du lac, entre la Ville du Grand-Saconnex, la Ville de Genève et la Commune de Bellevue. Elle bénéficie d’une position privilégiée entre la ville et la campagne. Le territoire de la Commune est constitué du village de Pregny, et des hameaux de Chambésy-Dessus et de Chambésy-Dessous.

Le territoire communal est de 325 ha, soit 1,3% du territoire cantonal. Trois quarts de cette surface est dédiée à l’habitat et aux infrastructures. La commune comporte une majorité de quartiers de villas, soit 80 % de sa zone d’habitations représentant un peu plus de 1000 bâtiments sur 1500 logements que compte la Commune. Le quart restant des surfaces sont agricoles, boisées et constituées de nombreux parcs.

Plusieurs cours d’eaux traversent la commune : Nant de Pregny, Ruisseau des Ecrevisses, Nant des Châtaigniers, Ruisseau le Vengeron, Ruisseau de l’Impératrice. Ils totalisent une longueur de près de 6 km.

Plusieurs grandes infrastructures sont proches du territoire communal : l’aéroport, l’autoroute et ses bretelles, la voie ferrée, la route de Lausanne et le futur tunnel des Nations.