Après les évènements de Paris et la défaite de Waterloo, l'indépendance de Genève fut reconnue par le Congrès de Vienne et par les traité de Paris et de Turin. Six communes furent cédées à Genève dont Pregny qui comptait 389 habitants.
Dès lors, la commune fut dirigée par les Maires suivants:

 
Marc-François Vuaillet 1816 - 1817
Isaac-Antoine Panchaud 1817 - 1834
Adolphe D'Arbigny 1834 - 1846
Isaac-Jules Panissod 1846 - 1861
Samuel Panchaud 1861 - 1869
Jean-Marie Panissod 1869 - 1876
Michel Deville 1876 - 1878
Jean-Marie Panissod 1878 - 1906
Alfred Boissier 1906 - 1914
Robert Martin 1914 - 1944
Raymond Barbey 1944 - 1951
Raymond Perrot 1951 - 1977
Pierre Heiniger 1977 - 1991
Jean-Marc Mermoud 1991 - 1999
Dès 1999, la commune est dotée d'un Conseil administratif
Jean-Marc Mermoud 1999 - 2011
Florian Vetsch 1999 - 2003
Valérie Archetto 1999 - 2015
Daniel Duret 2003 - 2007
Hubert Schneebeli 2007 - 2015
Philippe Schwarm 2011 -
Isabelle Rasmussen 2015 -
Philippe Pasche 2015 -