Abritant une ancienne maison forte du 14ème siècle, transformée par la suite en gentilhommière, le domaine de Penthes a été acheté par l'Etat de Genève en 1972.

En 1978, celui-ci l'a remis en usufruit à la "Fondation pour l'histoire des Suisses à l'étranger", aux fins d'y implanter le siège de l'institut national de recherches historiques sur les relations de la Suisse avec l'étranger" et ses activités. 

A la suite de la pandémie de Covid-19, la Fondation pour l'Histoire des Suisses dans le monde dépose son bilan, ses collections du musée sont vendues aux enchères en septembre 2022.